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王海云教授解说高通量测序技术在临床基因检测中的应用【CICEE】

2022-12-05 来源:绍兴农业机械网

随着分子生物学技术的高速发展,高通量测序技术越来越广泛的应用在临床基因检测中,尤其是在恶性肿瘤领域,对肿瘤患者的诊断、治疗,复发监测及耐药机制研究都有着非常重要的意义。编者特邀王海云教授对高通量测序技术在临床基因检测中的应用进行解说。

对于高通量测序临床检测报告中的拷贝数增加如何理解?

王海云教授:临床基因检测的高通量测序报告中提及拷贝数通常是指基于某个基因的人群分布及测序探针覆盖的统计算法计算出来的一个近似值,未能真实反映某个基因在肿瘤中拷贝数情况:如针对拷贝数扩增的基因(如ERBB2、MET、FGFR)需要使用靶向药物,需进行免疫组化检测蛋白水平,或通过荧光原位杂交(FISH)检测拷贝数的真实扩增状态。就目前而言,仅有HER2(ERBB2)在乳腺癌及胃癌里有根据指南的判读标准,除此之外,在其他瘤种,或其他基因的拷贝数增加均需使用FISH方法计算每个肿瘤细胞的绝对拷贝数、相应的染色体的个数及两者比值,根据文献报道的判读方式,将所得结果探索式的归为扩增或不扩增。

基因高通量测序检测中平常提到的基因功能缺失性突变意义是什么?

王海云教授:功能缺失性突变(loss of function mutations, LOF),又称为失活突变,指基因突变后基因编码的蛋白质功能部分或全部失活,主要包括基因缺失(deletions),表观沉默(epigenetic silencing),剪切突变,无义突变和插入缺失突变等。当抑癌基因如TP53,RB1,PTEN等发生功能缺失性突变时,失去该基因的抑制肿瘤发生发展的功能,使肿瘤增殖,促进肿瘤转移。对于这一类基因发生功能缺失性突变时,并结合已有的文献报告,临床可以考虑解读为致病性突变,同时也是潜在的靶向药物研发的作用靶点。

关于高通量测序

高通量测序技术(High-throughput sequencing)又称“下一代”测序技术("Next-generation" sequencing technology),以能一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定和一般读长较短等为标志。

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